中国肠道大会是由南京医科大学第二附属医院教授张发明、北京热心肠生物技术研究院创始人蓝灿辉作为创始发起人，于2018年创立的跨学科、跨专业的大型学术交流平台。
目前，大会拥有魏泓、赵方庆、王军、周宏伟、于君等5位学者作为联合发起人，并由南京医科大学第二附属医院、国家消化系统疾病临床医学研究中心（西安）、北京热心肠生物技术研究院、中国生物物理学会肠道菌群分会等单位共同主办，北京热心肠生物技术研究院承办，历届拥有众多协办单位。
2023中国肠道大会将在北京国家会议中心举行，特邀国家会议中心、iMeta 期刊、中国微生物学会微生物组专委会为联合主办单位。大会参会者预计将超过万人，并产生全球性的学术影响力。大会还将延续对中国肠道产业的特别关注，为促进中国肠道产学研的交流作出积极贡献。
本届大会期间重要会议有：中国肠道菌群大会、中国菌群移植大会、益生菌与益生元大会、中国肠道大会中医药大会、中国循证营养大会、中国肠道大会食品创新大会、中国动物肠道大会、中国肠道免疫大会、中国肠道与代谢大会、中国肠道生理与发育大会、中国肠脑轴大会、中国消化道肿瘤前沿大会、中国炎症性肠病大会、中国整合肠病学大会、中国母婴微生态大会、中国衰老与肠道健康大会、中国宏基因组大会、中国肠道大会交叉技术大会、中国肠道大会同一健康大会、中国肠道大会土壤与环境微生态大会等。
